种子黑褐色，长卵圆形或倒卵圆形，微扁，长4.5-5.5毫米，连翅长1.1-1.5厘米；子叶6-7枚，长1.3-2.4厘米；初生叶条形，长1.8-2.4厘米，上面有凹槽，边缘有较密的细锯齿，叶面上亦有疏生齿毛。花期5-6月，球果第二年9-10月成熟。 [1]
樟子松的雌球花、球果种鳞的形状、小枝的色泽以及针叶的质地与欧洲赤松都相似，惟老树树干下部的树皮较厚，深纵裂，灰褐色或黑褐色，上部树皮黄色至褐黄色，裂成薄块片脱落；针叶长短变异颇大，Zui长可达12厘米，径1.5-2毫米，冬芽淡褐黄色等形态特征与欧洲赤松不同。樟子松的树形因生长环境不同而有所不同：生于大兴安岭山区的树木树冠成尖塔形，树干端直高大；生于海拉尔以西与以南砂丘地区的树木，则树冠平顶，树干较短。这两种类型是否需要划分，有待进一步研究
