上海食品证第三方办理流程如下：
由申请人填写办理上海食品流通许可证的申请书，并到当地食药局受理窗口递交下列材料：
《食品流通许可申请书》、《名称预先核准通知书》复印件、相适应的营业场所使用证明。
由食品药品监督管理局负责受理，对提交的申请资料进行形式审查，并对符合要求的出具受理决定书。
受理后，食品药品监督管理局会指派专业人员，按照相关的食品安全法，食品流通许可证管理办法等要求对资料进行现场的审核。
食品药品监督管理局会依据审核的结果做出准予或不予行政许可的审批决定。
对准予发放许可证的申请者，发放《食品流通许可证》。
在申请办理上海食品流通许可证的过程中，除了上述提到的几项材料外，要求申请者还需要提供下列几项材料：
1、负责人以及食品安全管理人员的身份证复印件
2、与食品经营相适应的经营设备、工具清单
3、与食品经营相适应的经营设施空间布局图
4、食品经营者承诺书、食品安全管理制度(由食品药品监督管理局提供，经营者打印出来即可)。1.准备好材料提交到工商局食品流通许可证办理窗口
2.材料如果没有问题，窗口发给"受理通知书"
3.如果需要场地核查，工商局在受理材料后10个工作日内上门核查（一般零售没准，批发肯定上门）
4.如果核查通过，自工商局窗口受理开始计算20个工作日内发证
建议：本业务办理难度主要在提交到工商局的受理材料上，建议一次性把材料准备好，否则要承受往返奔波之苦，以下是准备材料详细列表。 
上海食品证新办所需材料：
一、《食品流通许可申请书》；
申请人是指以下几种情形：新设食品流通经营企业申请食品流通许可，该企业的投资人为许可申请人；已经具有主体资格的企业申请食品流通许可，该企业为许可申请人；企业分支机构申请食品流通许可，设立该分支机构的企业为申请人；个体工商户申请食品流通许可，业主为许可申请人。申请人应当在申请书等材料上签字并盖章。
二、《名称预先核准通知书》或营业执照复印件；
三、与食品经营相适应的经营场所使用证明以及经营场所的具体方位图；
经营场所使用证明与登记注册要求一致，申请人提交一份填写好的包含《住所（经营场所）登记表》的《登记申请书》及其他登记时要求提交的证明材料即可。
农村地址没有门牌号的，应当提交方位图示。多家企业使用同一门牌号的经营场所的，申请人还应当提交以建筑物为平面图的地址分割方位图示。
四、负责人及食品安全管理人员的身份证明；有食品安全技术人员的，还需提供技术人员身份证明;
五、与食品经营相适应的经营设备、工具清单；