1)加盟连锁（特许连锁）是总部和加盟店依照一对一的特许经营合同成立的，而自由连锁是加盟店按自发的意志、自愿共同结成的组织。
2)加盟连锁（特许连锁）的加盟店与总部之间存在纵向关系，各加盟店没有横向联系。自由连锁的加盟店之间则存在横向联系。
3)自由连锁是由加盟店集资组成，加盟店可以得到由总部利润中作为战略性投资的、持续性的利润返还，而特许经营中没有这种总部对加盟店的利润返还机制。
4)自由连锁成员店的经营自主权比加盟连锁（特许连锁）加盟店多，相互联系更为松散。
5)加盟连锁（特许连锁）在合同期内不能自由退出，自由连锁店可以自由退出。
6)自由连锁总部一般是非营利性机构，不收或收取少量的会费。特许经营中则有特许经营费用和保证金等。
7)特许经营体系通常依托于特许人开发的某些独特的产品、服务、经营方法、商号、商誉或者专利之上，而自由连锁则没有这些特点。
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