由于食品经营许可证为后置审批项目（简单点说就是先办营业执照后办理许可证），办理的流程大致如下：
以上海为例，由于食品经营属于后置审批事项，因此在经营范围上需要在许可项目里面写上：食品经营或者食品销售
（目前在上海自贸区对于仅从事预包装食品销售的企业放开了许可限制，企业可以直接开展预包装食品的销售经营活动）
工商局办理公司名称预先核准申请，取得企业名称核准通知书，递交包括地址信息等预审材料，领取营业执照
食药监申请食品经营许可证，递交材料，食药监安排人员上门核实经营场所，公司及地址信息无误，下发《食品经营许可证》
二、上海食品经营参考
1、如果是在网上销售饮料、坚果等预包装食品办理预包装食品经营许可证即可
2、如果是称重销售的食品（无论有无包装）都应该办理散装类的食品经营许可证
3、如果是销售保健食品例如：铁皮石斛、人参等商品，则应该办理特殊食品类的食品经营许可证
4、如果是线上销售自制蛋糕，那应该是办理餐饮服务类的食品经营许可证
特别注意的是，根据关于整合调整餐饮服务场所的公共场所卫生许可证和食品经营许可证的决定（国发〔2016〕12号）
取消餐饮服务场所公共场所卫生许可证，因此从事餐饮服务的企业主，无需再办理公共场所卫生许可证