（1）超级电容的耐压均不高。实际使用中过压保护电路必不可少。有人经常将二个到多个超级电容串接来接入大电压环境中。这种做法是不对的。因为随着电容的漏电，而电容的品质又不尽相同，在后期多次的充放电后容易造成局部单元过充而击穿的现象。
（2）超级电容毕竟不是电池，存在电压随着放电而逐渐下降的问题，所以需要较复杂的输出电路 [1] 。
应用编辑 播报
（1）法拉电容的低阻抗对于当今许多高功率应用是必不可少的。对于快速充放电，法拉电容器小的ESR意味着更大的功率输出。
（2）瞬时功率脉冲应用，重要存储、记忆系统的短时间功率支持。
（3）应用举例
1)快速充电应用，几秒钟充电，几分钟放电。例如电动工具、电动玩具；
2)在UPS系统中，超级电容器提供瞬时功率输出，作为发动机或其它不间断系统的备用电源的补充；
3)应用于能量充足，功率匮乏的能源，如太阳能；
4)当公共汽车从一种动力源切换到另一动力源时的功率支持；
5)小电流，长时间持续放电，例如计算机存储器后备电源。
2015年4月，某电站全停电恢复送电时，在对220kV#2主变充电时，#2主变高压侧202断路器合闸，由于#2主变空充产生了很大的励磁涌流，#1发电机系统也因此产生了和应涌流，由于涌流中含有较大的非周期分量，从而使进入#1发电机两套保护装置电流均发生了畸变。因发电机机端及中性点使用的CT不是同一厂家生产，CT的传变特性存在差异，饱和程度也不一致，发电机机端和发电机中性点的电流畸变程度不一致，造成发电机差动回路出现差流，引起#1发电机(正常运行的)主二套保护装置发电机比率差动保护动作，#1发电机出口011断路器跳闸。