注册上海三类医疗器械公司申请资质指南和详细材料如下所示：
*注册公司指南。确定公司名称、注册资本、股东身份和投资比例等信息，到工商局申请名称预先核准。确定公司经营范围、注册地址、注册资金等，并准备相关材料。在工商局领取营业执照。
*申请三类医疗器械经营许可证的具体要求。需要有工商部门预先核准的公司名称和经营范围，需要办理医疗器械经营许可证的申请表以及承诺书。需要具有与经营范围和经营要求相适应的设施设备，以及专职的执业药师和其他相关从业人员，并需要建立医疗器械经营管理制度。
*详细材料。申请材料包括：企业名称与经营范围、注册资本、申请事项等有关的申请材料；法定代表人、企业负责人、质量负责人的学历或者职称证明文件；组织机构与经营范围相适应的证明文件；经营场地证明文件；从事第二类医疗器械经营活动的企业还应当具有符合医疗器械经营质量管理要求的计算机信息管理系统，保证经营的产品可追溯。
完成以上步骤后，还需要根据相关法规规定进行现场审查，通过后方可取得许可证。具体的申请流程和详细材料还需要根据当地政策进行核对，以保证准确性。
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