一、一般贸易出口
该模是与境内区外企业一样，直接采购境内货物出口，供应商开具专票，区内贸易公司申请出口退税或免税。
二、一般贸易进口
该业务模式与区外企业没有本质区别，都是从境外采购货物并通关进口缴纳进口税(关税、消费税、增值税),海关放行后货物直接运入境内消费。在境内销售时，保税区企业按内销应税货物缴纳增值税，其海关进口增值税直接比对通过后抵扣。
三、转口贸易
分两种模式：
1.离岸转手
即货物在未到港前就销售给客户，该模式又叫“提单转卖”。
2.保税区仓储转口
即货物进口后向海关备案运入保税区进项仓储，然后再进行销售。可销售给境内企业，由境内企业报关，也可以销售给境外企业，将货物再运到境外。转口贸易由于其货物不在境内消费，因此该业务方式不属于增值税范围，不需要在境内征税，增值税申报表不许体现销售额。
四、进料加工/第三类代理划转
区内企业从境内采购货物，并转卖给境外。由境内供应商报关，境内供应商申请退税，区内企业仅作为中间商收付外汇并承担运输。该模式对境内供应商来说属于直接出口，即把保税区企业作为其出口客户(注意该模式与将货物由区外运入保税区是两个不同业务模式)。区内企业不需要缴纳增值税。
五、保税进口
保税区企业境外采购货物，经海关备案后暂不缴纳进口税，货物运入保税区仓储。由于保税区及其他海关监管区域属于“境内关外”，因此货物自境外入区时(一线)视同还在境外，属于保税状态。该保税进口模式下有三种业务操作方式：
1、货物在区内流转
报税期企业把货物销售给区内企业，货物不出区只在区内流转。该业务方式还是属于保税状态，销售环节保税，不要缴纳增值税(，增值税申报表不体现该销售额)。
2、货物出区进入境内(二线)
1.采购方报关
该模式对区内销售方企业来说仍属于保税销售，而对于采购方来说属于一般贸易进口(经二线进口),由采购方按一般贸易通关并缴纳进口税。对区内销售方来说，其销售行为保税，税务处理与“1.货物在区内流转”一致。
2.销售方报关
该模式由保税区内销售方企业进行报关，即把进入“一线”处于保税状态的货物通关为应税货物，缴纳进口税后，内销给其他企业。该模式与一般贸易进口一致。
