随着税务机关“放管服”改革的持续推进，企业所得税全面实行优惠备案制。即由企业自行判断符合税收优惠条件的，可以自行享受优惠，并自行履行备案手续。纳税人自行汇缴结束后，税务机关根据备案资料等进行审核，实施后续管理。这给纳税人带来便利，也须承担更多的责任，面临更大的税务风险。
企业所得税优惠全面实行备案制。取消所得税优惠事项的审批，意味着税务机关将工作重心从事前审批转移到事中和事后监管，纳税人能否享受、怎么享受优惠很大程度上依靠自行判断、自行计算和自行申报。对于某些税收优惠(如税收协定优惠待遇、特殊重组等)，由于可依据的具体文件并未完全细化，包含很多的主观判断和不确定性，纳税人需要谨慎分析。另外，除掌握税收政策外，纳税人还需运用一定的技术专业知识进行判断。如果企业自行判断、计算不正确，或未留存足够和符合要求的备查资料，或者留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算、相关技术领域、产业、目录、资格证书等不符，将面临涉税风险。
备案制实际增加了企业的风险。备案制的核心是提交资料形式的完整性，不进行实质审查。审批制下，税务机关为企业申请税收优惠把关，是否符合优惠条件，需要提供哪些资料，享受优惠的时限等，税务机关提供保姆式服务，即使税收优惠政策适用错误，只要纳税人没有编造虚假资料，责任也由税务机关承担。备案制下，上述情况均由纳税人自行判断、自行把关，材料只要该提交的提交、该填的填完就行，即使纳税人没有编造虚假资料，也往往可能因为对税收优惠政策的理解偏差，而导致该享受的优惠不能享受，不该享受的却自行享受，被税务机关处理处罚，不仅要补缴税款、滞纳金、被处以罚款，而且可能涉嫌税务刑事处罚。
企业对备案材料真实性、合法性负责。备案类的税收优惠对于纳税人提交的资料不改变纳税人真实性的责任，如果一旦发现有任何问题，比如提供虚假的资料，企业应负责任。同时，享受所得税优惠的企业必须在年度汇算清缴前完成备案手续。一旦企业在年度汇算清缴前未完成备案而享受了优惠，税务机关除责令企业限期备案外，还会要求企业同时提交留存备查资料。如果企业经审核不符合税收优惠政策条件，将补缴税款并计算滞纳金;即使符合税收优惠政策条件，按照税收征管法有关规定也要予以处罚。
备案制下后续管理更严更规范。目前，国家税务总局要求加大对所得税优惠备案的纳税评估、税务稽查、税收风险防控等后续管理力度。比如，研发费用加计扣除新政策要求年度核查面不得低于20%。而从实务操作层面看，这方面问题较多，一些企业生产费用和研发费用内部管理不规范，虚列人工费用、虚抵折旧费用、多开支其他费用等，没有设置研发费辅助账，相关的材料准备不充分。企业应加强日常管理，相关部门密切配合，核算规范准确，研发费用开支有项目、有专账、有凭证，经得起税务检查。
