灵活用工企业与灵活用工个人构成劳动关系或民事关系，服务平台则从灵活用工企业购买服务或要求其代理结算。
实践中，根据灵活用工企业与服务平台签订的合同内容来看，存在两种常见的经营模式，即参与经营型和中间服务型。
参与经营型
参与经营型，指灵活用工企业作为服务提供方，与服务平台签订合同，向服务购买方直接提供服务。灵活用工企业与服务提供个人建立合法合规的用工关系，并为其依法代扣代缴个人所得税；服务平台直接向灵活用工企业支付服务费，灵活用工企业以服务费全额向服务平台开具增值税发票。
在参与经营型模式下，灵活用工企业的增值税应税收入主要来自服务平台，但因目前监管机制有待完善，一些灵活用工企业通过虚增业务量，甚至虚构交易方式对外开具增值税发票，以获得非法利益。同时，一些灵活用工企业利用网络交易可被删除、被伪造的漏洞，在个人所得税扣缴申报时，隐瞒真实劳动关系，按照核定征收率更低的“个人承包经营所得”扣缴个税，很容易产生税务风险。
中间服务型
中间服务型，由灵活用工企业充当中介角色，向服务平台提供“互联网+人力资源”服务。灵活用工企业根据服务平台的要求，筛选灵活用工个人，并为服务平台提供信息查询、交易撮合、合同签订、税费代缴、费用结算等服务。在这种模式下，灵活用工企业向服务平台收取分包劳务费及项目服务费，根据项目服务费向服务平台开具增值税发票，并在代扣代缴个人所得税后，将分包劳务费支付给灵活用工个人。这样，灵活用工企业收到的款项包括两部分，一部分是“互联网+”服务费，计入灵活用工企业收入；一部分是灵活用工个人的报酬，灵活用工企业完成结算后，支付给灵活用工个人。实务中，一些灵活用工企业将收到的服务费以及劳务费合并开具增值税发票，其中不乏虚开发票风险。
