医药冷藏物流的操作模式主要有以下两种：
一、自营物流模式。
冷藏药品自营物流大的好处就是药品始终在自身企业的掌控之中，药品的质量管理能得到保证。虽然此模式比较令企业放心，但是电费、管理费、设备设施购置费、配送费用、人力成本等物流成本比较高，不能很好地体现社会资源的整合。
二、第三方物流模式。
即将需要冷藏的药品委托给第三方物流公司管理，但目前在我国实行这种模式的医药流通企业却不多。这种模式关键在于被委托方有没有药监部门颁发的资质许可证，又没有足够的实力(硬件、软件、人才)将冷藏药品管理好。虽然第三方物流尤其是冷藏药品的委托管理在医药流通行业还没有大规模推广，但是随着我国物流管理水平、医药流通行业不断发展，相信物流外包将成为医药流通行业的主流。
在流通环节，对从口岸放行的进口冷链食品，在社会冷库或企业冷库倒箱过车、入库存储前，相关生产经营单位查验货物所附的消毒证明，如未消毒，则在掏箱卸货时，对该批货物的集装箱内壁、货物外包装实施消毒。消毒完成后，消毒单位出具该批货物业经消毒的证明。生产经营单位对需打开外包装的货物的内包装实施消毒。
在市场环节，进口冷链食品销售市场要加强管理，规范市场卫生环境，做好销售场所的日常消毒工作。要严格落实防控要求，加强进口冷链食品是否消毒的相关证明查验工作，防止未经过预防性全面消毒处理的进口冷链食品进入市场。进一步完善追溯管理，做到所有进入市场的进口冷链食品来源可查、去向可追。