组织 VS 自然人
公司制是现代企业的一种组织形式，而个体户本质上是自然人。公司有组织机构代码证，而个体户不用办理组织机构代码证，当然，目前全国各地已经实现多证合一，组织机构代码证在被合并之列。
有限责任 VS 无限责任
公司对债务承担有限责任，而个体户承担无限责任。
名称形式不同
公司一般形式为地区+字号+行业+有限公司，比如武汉xxx电子商务有限公司，而个体户为某市+某区+字号+行业+组织形式，比如武汉市xx区xx图书店。
提交材料不同
设立登记时，办理公司提交资料相比个体户而言要多一些，包括申请书、章程等，还需要设置执行董事、监事、经理，或者设置董事会、监事会等。个体户办理主要提供申请书以及房产使用证明即可。
变更登记时，公司一样需要提交一系列资料。而个体户，一般也就是变更地址居多，个人经营形式的个体户是无法变更经营者的。
注销登记时，除去简易注销，一般公司注销是需要登报的，需要45天的公示期。个体户则相对简单多了，直接申请注销即可。
在许可证办理方面
相当一部分许可经营内容（就是需要到有关部门办理许可证才能经营）要求申请主体必须是公司形式。但另一方面，一般常见的大部分经营活动是不需要办理经营许可的。
在年报方面
个体户和公司都需要年报。如果没有年报，公司会被列入经营异常名录，将来申请移出，这个异常名录记录会一直存在。而个体户如果没有年报，则会被标记为经营异常状态。
分支机构方面
个体户不能开分店。公司则可以设置分公司，成立集团公司。
各种政府奖励、资金扶持政策方面
政府更多的是行业引导、资金引导，一般同具体组织形式关系并不大。当然，规模大的市场主体单次获得的扶持资金或政策可能更多更财政扶持。