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变压器在这阶段继续储存能量。在阶段2, 开关管关断。上一阶段储存的能量传递到副边， 但没有把变压器里面的能量完全释放，所以不存在完全能量转换方式中的第3阶段。
在反激式变换电路设计中应注意以下问题：
a. 当反激式变换器以连续方式工作时， 有相当大的直流电流成分，这时，必须有气隙。适当的气隙可以防止饱和状态并平衡直流电流成分；
b. 在缓冲器中（ 图中C1、R4、D2） , 通过减少R4值或漏电感值， 可以抑制钳位电压的升高趋势。但不能把钳位电压设计得太低，因为反激过冲电压提供一个附加强制电压来驱动电能进入副边电感， 使副边反激电流迅速增大， 提高变压器的传输效率；
c. 由于反激式变换器存在较大的纹波电压， 太大的纹波电压会使控制电路工作不够稳定，所以增加LC滤波器一定程度地降低了纹波。
在阶段2, 开关管关断， 上一阶段中变压器储存的能量传递给副边。由于漏感的存在会产生尖峰电压， 所以实际电路中利用钳位电路（图4中的C1、R4、D2、R5、C2） 把电压钳制在开关管的漏- 源击穿电压值以下。在阶段3,感应电压降为零。变压器已将在阶段1储存的能量全部释放， 但该电压变化又通过激励由杂散电容和初级电感构成的谐振电路，产生衰减振荡波形。
图6所示的是工作在不完全能量转换状态下， 开关管的电压及电流波形在这种工作模式下， 每个开关周期被分为两个阶段（分别如图中1和2所示） .在阶段1, 开关管开始导通时， 由于变压器还储存有能量而使开始电流不为零。