个人独资企业的注销涉及两个税种，如下:
1.当年生产经营个人所得税。
中华人民共和国财政部、国家税务总局发布:《中华人民共和国公告》(财税〔2000〕91号)第十八条明确:“企业年中合并、分立或者终止的，投资者应当自停止生产经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期个人所得税汇算清缴。”第四条还明确:“个人独资企业、合伙企业(以下简称企业)各纳税年度收入总额扣除成本、费用和损失后的余额，视同投资者个人生产经营所得，《个人所得税法》“个体工商户生产经营所得”税目适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。”
个人独资企业在年中停业注销时，需要计算缴纳个人所得税。
2.清算个人所得税。
财税〔2000〕91号第十六条规定:“企业清算时，投资者应当在办理工商注销登记前，向主管税务机关办理有关税务事宜。企业清算所得视同年度生产经营所得，个人所得税由投资者依法缴纳。前款所称清算所得，是指企业全部资产或者财产扣除清算费用、损失、负债和以前年度留存的利润后，超过实收资本的公允价值。
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