公司注销时发现有未分配的利润的话，需不需要缴纳个税，需要看公司是否有清算所得，清算所得有余额，余额再进行分配就需要缴纳个人所得税。
这里还有很特殊的一点就是，你要确定你的公司是属于什么类型的，不同类型的企业缴纳个人所得税的处理方法是不同的。
举个例子：如果你是个人合伙企业或者是个人独资企业的话，注销时个人投资者是不需要缴纳个人所得税的，因为根据相关规定：
个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得(利润)。
意思就是：账上的未配利润实际上已经是纳税后的经营所得，无论是平时的分配还是注销清算时都不需要再交纳税款了。
如果你的公司是有限公司之类的，注销清算后有清算所得余额，进行分配的，是需要交个税的。按照实收资本中自然人股东占比来计算分红的个税
注销时经常遇到的问题
1、非正常户企业，怎样才能注销？可以直接申请注销吗？
答：不可以！被纳入了非正常户的企业，需要先“解非”再进行注销，即是需要先补充纳税申报、补缴税款、缴纳相应的滞纳金和罚款，解除非正常状态后，才能按照正常程序提交注销申请。
2、注销的时候是不是一定会查公司三年账？
答：不是，税收法规没有明确的规定注销时必查账，有肯会被查账，这不是百分百的事情，要看企业具体情况，需要注意一个问题：“因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，不得加收滞纳金。”
注销不是消失，是注销了如果有偷税漏税等违法行为，税务机关可以无限期的追责。