办理三类医疗器械经营许可证首先需要满足一定的条件。这些条件包括具有与经营范围相匹配的经营场所和仓库，并且仓库的面积也有具体要求。此外，必须拥有国家认可的、与经营产品相关专业背景的在岗人员，以及中专以上学历的技术人员。同时，还需要有与经营的医疗器械相适应的质量管理制度。
具体的申请流程如下：
提交申请资料到相关部门，包括《医疗器械经营企业许可证申请表》、工商行政管理部门出具的《企业名称预先核准通知书》或《工商营业执照》、经营场地、仓库场所的证明文件等。
相关部门会受理申请，并对所提交的资料进行审核。
审核通过后，相关部门会到实际场地进行勘察以及对产品进行审核。
如果符合所有条件和标准，相关部门会准予颁发三类医疗器械经营许可证。
三类医疗器械经营许可证和二类医疗器械经营许可证之间存在几个主要的区别：
风险等级和监管要求：
三类医疗器械是指对人体有直接或者间接影响的医疗器械，通常包括高风险产品，如人工关节、心脏起搏器等，需要经过国家药监局的严格注册和审批。
二类医疗器械则相对风险较低，如医用棉签、医用口罩等，监管要求相对较低，但也需要确保产品的质量和安全性。
经营许可与备案：
三类医疗器械经营需要获得医疗器械经营许可证，这是一个更为严格的准入凭证，要求企业必须符合一系列的质量管理规范和经营条件。
二类医疗器械经营则实行备案管理，企业只需向相关部门备案即可开始经营，流程相对简化。
经营场所和库房要求：
三类医疗器械经营场所的面积通常要求不小于100平方米，库房面积不小于80平方米，并且需要设立独立的储存仓库，以确保产品质量和安全。
二类医疗器械经营场所的面积要求则相对较低，通常不小于30平方米，库房面积不小于20平方米。
质量管理体系：
对于申请三类医疗器械经营许可证的企业，必须使用符合医疗器械经营质量管理规范的GSP软件。
而二类医疗器械经营备案的企业则只是建议使用GSP软件，并非强制要求。