1. 提交申请
提交申请至商标局国际注册处。马德里商标国际注册申请有两种途径：一是通过商标局申请马德里商标国际注册；二是通过商标局指定的商标代理机构办理马德里商标国际注册。
2. 形式审查
商标局收到手续齐备的申请件后，即登记申请日期，编定申请号，计算申请人所需缴纳的费用，向申请人或代理人发送《收费通知单》。申请人或代理人应在收到《收费通知单》后15日内向商标局缴纳有关费用。商标局在收到足额汇款后，向国际局递交申请。如果两个月之后，商标局仍未收到足额汇款，该申请将被视为自动放弃，申请日期和申请号均不予保留。
3. 国际局审查
国际局收到商标局递交的商标国际注册申请后，认为手续齐备，商品和服务类别及名称填写正确的，即予以注册；认为手续不齐备的，将暂缓注册，并通知商标局。商标局在收到国际局通知后，立即通知申请人或代理人，要求在规定的期限内补正。如果申请人或代理人未在规定期限内补正，其申请将被国际局驳回，申请费和注册费不予退还。
4. 指定国审查
商标能否在各指定国获准注册，要以各指定国的审查为准。各指定国在收到国际局转去的商标国际注册申请后，根据本国的商标法进行审查，做出决定。如果审查决定驳回申请，商标局将把驳回通知转发给申请人或代理人，同时抄送国际局。申请人或代理人如对驳回决定不服，可以在规定的时间内请求商标评审委员会进行复审。
5. 驳回保护
商标国际注册申请被指定国驳回的，申请人可以在收到驳回通知之日起三十天内，通过商标局向国际局申请驳回保护，要求指定国对其驳回理由进行复审。
