上海二类医疗器械经营备案流程如下：
1. 填写并提交申请表。
2. 提交相关材料，包括营业执照复印件、法定代表人身份证明等。
3. 提交的申请材料应当真实、完整。
所需准备的材料如下：
1. 《第二类医疗器械经营备案表》1份（需加盖公司公章）。
2. 企业营业执照复印件（需加盖公司公章）。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
4. 组织机构与部门设置说明。
5. 经营范围、经营方式说明。
6. 经营场地、仓库场所的证明文件，租赁合同协议复印件。
7. 经营场所、仓库布局平面图。
8. 质量管理制度、管理制度目录及文件清单。
请注意，流程和材料可能会随时间而变化，建议咨询相关部门获取Zui新信息。
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