上海网上申请二类医疗器械备案的操作流程和所需资料如下：
1.登录上海市市场监督管理局官网（https://shanghai.gov.cn/），点击“政务服务”进入上海市政务服务系统。
2. 在首页选择“医疗器械”模块，点击“二类医疗器械备案申请（备案类）”。
3. 注册账号并填写相关信息，完成在线申请，并完善许可证等材料。
4. 按照系统提示填写相关信息和上传相应文件，包括营业执照、负责人资格证明、经营场地证明、库房证明以及申请材料真实性声明等。
5. 完成线上材料提交后，根据系统提示完成现场核验工作，并领取电子版《医疗器械经营许可证》。
相关注意事项：
1. 需要确认经营方式、经营范围、经营场所等信息是否填写正确。
2. 需根据自身实际情况，如实上传相关材料，并确保材料的真实性。
3. 整个申请过程需要确保网络环境良好，以免出现系统崩溃等问题。
具体操作流程和资料准备可能因实际情况而异，建议在开始申请前详细了解相关规定和要求。
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