医疗器械二类备案和三类许可证的主要区别在于监管级别和办理流程的复杂性。
1、监管级别：
二类医疗器械：这些医疗器械具有较低的风险，例如避孕套、血压计等。在我国二类医疗器械需要进行备案，这相对来说是一个较简单的过程，涉及到的文件和审核相对较少。
三类医疗器械：这些医疗器械具有较高的风险，例如心脏起搏器、人工关节等。三类医疗器械需要获得经营许可证，这是一个更为严格的过程，需要提供更多的文件和临床数据，以及通过更为严格的审核。
2、办理流程：
二类医疗器械备案：企业需要准备相关文件，如企业资质证明、产品技术要求、产品检验报告等，向所在地设区的市级药品监督管理部门提交备案申请。监管机构在规定时间内审核，符合条件则予以备案。
三类医疗器械经营许可证：企业需要准备更为详尽的文件，包括但不限于产品技术要求、临床试验报告、质量管理体系文件等。申请过程可能包括产品测试、质量评估、临床评估等环节。向相应的药品监督管理部门提交许可申请。监管机构进行更为严格的审核，可能包括现场检查，审核通过后颁发经营许可证。
三类医疗器械的监管更为严格，办理流程更为复杂和耗时。而二类医疗器械的备案流程相对简单，监管要求较低。企业在办理前应详细了解所在国家或地区的具体法规要求。
