注册上海医疗器械公司并取得三类医疗器械经营许可证的步骤如下：
1. 注册新公司：提供与法人、股东、监事等相关身份信息，需确保注册为公司法人，且确保主体资格合法，注册资本为自担自负。
2. 医疗器械经营企业许可：通过上海电子政务平台进行网上申报，按照法规要求提交企业许可的相关材料，完成现场勘验后等待审核结果。
3. 获取许可结果：完成申请后可在政务服务网查询结果，如果许可通过，则进入下一步。
4. 医疗器械经营许可证的领取：在现场提交纸质材料前，需要确保系统内已无待提交的申请事项。
具体包括以下步骤：
1. 登录上海市食品药品监督管理局官网，点击“办事大厅”，选择“医疗器械”模块进行申请。
2. 根据实际情况填写相关信息，上传电子材料。
3. 申请成功后，按照系统内提示携带纸质材料到各区食品药品监督管理局进行现场审核。
4. 审核通过后，会领取《医疗器械经营许可证》正、副本。
以上办理流程及步骤仅供参考，建议咨询当地食品药品监督管理局的详细信息。
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