原因：直营门店不能证明具有良好的盈利能力。为了保障加盟者的利益，特许人必须证明自己的招商项目具有成熟的模式、良好的盈利前景，如果特许人不能证明直营门店的盈利能力，则商务主管部门可能会认为整个备案项目存在瑕疵，而不予以备案。
原因：直营门店实际经营地址与营业执照地址不一致。如真实门店不在营业执照地址或仅与执照地址相邻。
原因：直营门店已经闭店，未实际经营。直营门店未实际在运营门店的，与条例中规定的对直营门店持续运营的要求相违背，将不予以被认可。
原因：门店地址的性质为仅作为办公用。比如在现实中，部分餐饮项目备案企业提供的直营门店地址不符合餐饮门店地址的基本要求，执照中明确标注为办公用，将导致直营门店不会被认可。
原因：门店仅为展示性作用，或非堂食的纯外卖门店。展示性门店因不能证明其持续运营及盈利能力，不被商务主管部门所接受，而餐饮类的纯外卖门店因模式具有不确定性，在实际备案过程中，往往也不被商务主管部门所认可。
原因：直营门店为店中店形式。店中店之在备案时不易被商务主管部门所认可，其主要原因是该类直营门店主要依托于外部店面的经营情况，且店中店的规模及管理方面面临诸多问题和挑战。但在大型商场内的店中店形式的直营门店除外。
商业特许经营备案的具体要求和流程可能因地区和行业而异。在进行商业特许经营备案前，建议先了解当地商务主管部门的政策和要求，并咨询商业特许经营领域专门机构和执业律师的意见，以确保直营店的认可和整个备案过程的顺利进行。
为了确保直营店被认可，需要满足运营时间、形式要求以及经营状况等方面的规定，一帜建议招商加盟企业在直营店建设初始阶段就向专门从事商业特许经营及其备案服务的专门机构和执业律师进行咨询，寻求的意见和建议，不要盲目建设直营门店。如果直营店不符合这些规定，就需要进行相应的调整和改进。