上海境外投资备案的流程主要包括以下几个步骤：
一、准备材料
企业在进行境外投资备案前，需要准备一系列的文件和材料。这些材料通常包括但不限于：
企业基本信息：如营业执照副本复印件、组织机构代码证、税务登记证（如已三证合一，则只需提供营业执照）、公司章程、法定代表人身份证件复印件等。
投资主体信息：股东会或董事会关于境外投资的决议、近一年的经审计的财务报表（包括资产负债表、利润表、现金流量表等）。
投资项目信息：投资项目情况分析、项目意义说明、投资计划书等。对于并购类投资，还需提供并购协议（附中文翻译件）、尽职调查报告等。
其他必要材料：如《境外投资备案表》或《境外投资申请表》、真实性承诺书等。
二、提交申请
根据企业的性质和规模，提交申请的途径可能有所不同。一般来说，中央企业应直接向商务部提交申请，而其他地方企业则应向省级商务主管部门（如上海市商务委员会）提出申请。提交申请时，需将准备好的材料一并提交，并确保所有材料的真实性和准确性。
三、材料审查
收到申请材料后，商务部和发改委或省级商务主管部门将在一定时间内（通常为5个工作日内）对材料进行审查。审查的重点是确认材料是否齐全、真实有效，以及是否符合法定形式。如材料不符合要求，申请人将被一次性告知需要补充的内容。
四、初步审核与核准
省级商务主管部门在收到完整材料后，将进行初步审核。对于符合条件的申请，省级商务主管部门将在规定时间内（通常为15个工作日内）做出是否予以核准的决定。如需报商务部核准的，省级商务主管部门将在10个工作日内完成初审并上报商务部。商务部在收到上报材料后，将进行审核并作出核准决定。
五、征求第三方意见
对于特定类型的境外投资，如能源、矿产类投资，省级商务主管部门还需征求驻外使（领）馆经济商务参赞处（室）的意见。对于矿产资源勘查开发类投资，还需征求国内相关商会、协会的意见。这一步骤旨在确保投资项目的合规性和可行性。
六、获得备案证书或批文
经过审核并通过后，企业将获得商务部或省级商务主管部门颁发的《企业境外投资证书》或相关批文。这是企业境外投资合法性的重要证明。
七、外汇管理局备案与资金汇出
企业在获得备案证书或批文后，还需向国家外汇管理局或其授权的地方外汇管理局进行备案，并通过银行进行外汇兑换和汇出。银行将依据相关规定对资金汇出实施监管。
八、持续监督与报告
企业在境外投资过程中，需要按照相关规定进行监督和报告。这包括资金流动、项目进展等情况的定期报告，以及重大变更事项的及时通报。
注意事项
企业在准备材料时，应确保所有材料的真实性和准确性，避免因信息不准确导致的审核延误或失败。
企业应密切关注政策变动和新要求，确保自身操作符合相关法律法规和政策规定。
对于复杂或不确定的投资项目，企业可以寻求的咨询机构或律师事务所的帮助，以确保备案手续的顺利进行和投资项目的合规性。
请注意，以上流程仅供参考，具体流程和要求可能因政策调整而有所变化。在正式申请前，企业应咨询相关部门或顾问以获取新信息。
