上海市企业进行境外投资备案的操作指南主要包括以下几个步骤：
办理依据和权限：根据《境外投资管理办法》，上海市商务委员会负责对本市境外投资实施管理和监督。中国（上海）自由贸易试验区管理委员会则负责权限内区内企业的境外投资备案管理。
境外投资备案的办理流程：
对于不涉及敏感国家和地区、敏感行业的境外投资，实行备案管理。
企业需通过“境外投资管理系统”填写并打印《境外投资备案表》，连同企业营业执照复印件一起提交。
如果《备案表》填写如实、完整且符合法定形式，市商务委员会将在收到材料后的3个工作日内完成备案并颁发《证书》。
境外投资核准的办理流程：
涉及敏感国家和地区、敏感行业的境外投资，实行核准管理。
需要提交的材料包括申请书、《境外投资申请表》、境外投资相关合同或协议、以及有关部门对限制出口产品或技术的批准文件等。
核准流程中，市商务委员会将对申请进行审核，并在审核通过后颁发《证书》。
核准类别：
某些特定情况下的境外投资需要报商务部核准，例如在与我国未建交国家的投资、投资额超过1亿美元的投资等。
其他情况，如中方投资额在1000万美元以上、1亿美元以下，或涉及能源、矿产类的境外投资，由市商务委员会核准。
不予核准的情形：
如果境外投资可能危害国家主权、安全或社会公共利益，或违反我国法律法规，将不予核准。
