上海出口食品生产企业备案流程主要包括以下几个步骤：

1. 登录系统：申请人需登录“互联网+海关”平台（http://online.customs.gov.cn）或“中国出口食品生产企业备案管理系统”（如果适用）。

2. 填写申请：在线填写《出口食品生产企业备案申请表》，包括企业基本信息、产品信息、人员及认证情况等。

3. 上传材料：将填写好的申请表导出，签字盖章后扫描上传至系统。确保所有要求的附件材料齐全且符合规定。

4. 提交审核：完成信息填写和附件上传后，预览并提交申请。可以选择初次申请或变更申请，根据企业具体情况。

5. 审核办理：主管海关将对提交的申请进行审核。如果材料齐全且符合法定条件，通常可以当场或在承诺的办结时限内（如3个工作日）完成备案。

6. 获得证明：审核通过后，企业将获得《出口食品生产企业备案证明》，该证明长期有效。企业可以选择在线下载电子版或至海关加盖印章获取纸质版。

7. 变更与注销：若企业信息有变，需在规定时间内（如15日内）通过系统申请变更。不再需要备案时，同样通过系统提出注销申请。

请注意，具体操作可能因海关政策更新或地方性规定有所不同，建议实时关注海关Zui新公告或咨询当地海关部门。