特许经营发展的实践证明，特许经营在提高企业组织化程度、吸纳民间资本、促进中小企业发展、扩大就业等方面起到了积极作用。但在快速发展过程中，由于国内法律环境、道德环境的建设的滞后，以及特许企业和投资人自身的原因，出现了许多问题：
特许经营体系规模小，实力不强。 我国导入特许经营虽然已有十几年的历史，但绝大多数特许经营体系是近四到五年发展起来的，单体系规模较小，实力较弱，品牌知名度和影响力不高，加盟店体系稳定性差，与发达国家相比，存在着明显的差距。
2. 特许经营行为不规范。主要表现在： 总部开展特许经营的准备期短。 我国企业从创建到开始特许经营，中间直营店运行和总部建设的时间普遍偏短，有的公司成立不到一年就从事特许经营。在没有一到两年直营店经营经验的情况下开展特许经营，这样的特许体系本身，往往存在一些缺陷和不成熟的地方，对特许体系下一步的维护和发展容易产生不利影响。 特许经营双方信任度不高。 目前，特许总部和加盟商之间缺乏信任的问题较为突出，不诚信是导致纠纷发生和合作关系瓦解的主要原因；总部的准备期短，也是造成加盟商不信任的根源。不信任使得特许双方对合作关系的维护缺乏重视，各种短期行为频发。 特许经营费金额偏低，收取方式不科学。 国内品牌的特许经营费金额普遍偏低，说明品牌的含金量有限，不足以支撑高水平的费用。同时，特许经营权使用费的收取方式多为按定额收取，此种方式也缺乏科学性。 总部融资意识、融资能力不足，融资渠道不畅。 资金的不足，使得特许企业在总部和直营店的建设，品牌和特许经营体系的建设，新产品、新服务的研发等核心方面投入不够，进而无法对加盟店提供有力的持续支持。
3.借特许经营实施商业欺诈屡有发生。 目前，我国特许经营市场秩序不规范的问题比较突出。如特许商不具备开展特许经营的基本条件就进行招募加盟商的活动；企业尚无注册商标或经营不到一年就开展特许经营活动；特许商披露信息不规范甚至蓄意*；特许经营双方不遵守经营合同规定，故意违约；加盟商逃缴特许费用、侵犯特许商知识产权等。更为严重的是，少数不法企业打着特许经营、连锁加盟的幌子，进行诈销等坑害投资人的恶性事件屡有发生，使得投资者利益受损。
