水中的有机物和氯消毒剂结合后产生卤代化合物，有许多已被确认是癌症的诱发物，其中主要是挥发性三卤甲烷和非挥发性卤乙酸，后者致癌的危险是前者的50-100倍。
自来水厂要加氯消毒，供应到每个家庭，这是为了保障卫生学的安全。不过，一旦加氯，如果水源地的水中有机物多了，跟氯结合，就形成硝酸盐。而硝酸盐在人体内也可被还原为亚硝酸盐。亚硝酸盐在人体内外与仲胺类作用形成亚硝胺类，它在人体内达到一定剂量时是致癌、致畸、致突变的物质。
目前，对于硝酸盐，国家标准地表水小于10毫克/升，但是，如果使用地下水源，可以放宽到20毫克/升。拿北京为例，北京地下水的硝酸盐高只有9.7毫克/升。一般来说，水中的亚硝酸盐并不会导致居民健康问题。
肉眼可见物：红虫、泥沙、悬浮物、颗粒物、胶体物。
不可见物质：微生物、重金属，铅、汞、铬以离子状态存在。
余氯：癌症的诱因。
有机化合物：世界卫生组织检测自来水中有2221种化学物质，其中300多种已经确认为致癌物、疑似致癌物。其中包括：化肥、农药残留，激素、抗生素残留物以及亚硝酸盐。
细菌：
无论是以地表水还是地下水为水源，自来水中的细菌、大肠杆菌可以说是无处不在。水是生命之源，水中含有营养成分，而水具有相对的热稳定性，因而为各种细菌提供了生长、繁殖的绝好环境。即使水中含有极微量的营养成分，但细菌、病毒也会存活和滋生的。几乎所有的人都知道细菌和病毒的危害性。
