关联公司的直营店能否认定为特许人的直营店？
不一定。拟以关联公司的直营店作为特许人的直营店进行备案申请的，需要满足以下两个条件。关联公司仅指特许人的母公司、全资或控股的子公司；关联公司的直营店应从事与特许人系同一品牌、同一性质的业务。
特许人以其关联公司的直营店作为自己直营店的，应提交以下文件：（1）关联企业之间的资产关系证明（关联企业之一应为特许人）；（2）关联关系发生时间满一年以上的证明（如收购他人店铺时，其经营时间应从收购之日起算）。计划以收购他人店铺来满足“两店一年”条款的特许人，收购要趁早，不要临时抱佛脚。
无论是《条例》还是《备案管理办法》，对特许经营备案的时间及逾期办理特许经营备案的法律责任均进行了明确规定。《条例》第八条及《备案管理办法》第七条明确规定，特许人应当在与中国境内的被特许人首次订立特许经营合同之日起15日内向备案机关申请备案。《条例》第二十五条及《备案管理办法》第十六条，明确规定特许人未按时间规定办理备案的，由商务主管部门责令限期备案，处1万元以上5万元以下的罚款；逾期仍不备案的，处5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。
第一份特许经营合同签订了三个月，才知道法律规定要备案，该怎么办呢？主动备案是不是一定会被处罚？
不一定。从特许经营备案实践情况来看，15日的备案准备时间是比较紧凑的，在网上填报所需资料中，商务主管部门允许逾期的特许人提交“逾期备案说明书”，这说明如果逾期时间不长，且有较为恰当的理由，逾期备案不一定会被行政处罚。
但如果特许人明知应该办理特许经营备案，因故意或疏忽大意没有办理，Zui终被他人举报投诉或被执法部门查处的，行政处罚不可避免
