目前，商业特许经营备案采用网上申报及公示的方式，由商务部及各省商务主管部门具体负责。但商业特许经营备案只采用网上公示作为唯一的方式不便于广大投资者(加盟商)的查询和识别，尤其对互联网知识欠缺的投资者(加盟商)，其无法准确找到，甚至不会识别哪个是商务部商业特许经营备案的网站，更不懂查询的方法。有些不法企业正是利用上述情况，故意采用欺诈手段，诱骗投资人(加盟商)，开展非法商业特许经营活动，骗取加盟费。这种情况的存在，不利于商业特许经营备案制度对商业特许经营行为的规范，不利于《商业特许经营管理条例》的实施。
已经通过商业特许经营备案的特许经营企业可申请追认
为此，经商务部中国国际电子商务中心决定(2015商电商发第21号)，由商务部中国国际电子商务中心开展商业特许经营备案认证，自2015年3月9日起，凡是经商业特许经营备案的企业均可向商务部中国国际电子商务中心申请商业特许经营备案认证。凡是通过商业特许经营备案认证的企业，均由中国国际电子商务中心出具认证铜牌以及认证证书，以便于规范特许经营企业的特许经营行为，便于广大投资者(加盟商)识别。2015年3月9日前已经通过商业特许经营备案的特许经营企业，可申请追认商业特许经营备案认证。