在冷链物流储藏和运输过程中，现代化的冷冻冷藏技术与设备必不可少。目前我国农产品冷链物流企业所采用的制冷工艺和技术方法水平都较为滞后，技术无法突破，导致农产品冷链物流损耗过高现象得不到改善，行业飞速发展与冷链物流基础设施建设情况脱节。农产品冷链物流所需的运输仓储设备陈旧落后，冷藏车数量不足，现代化冷库容量不足，直接影响物流企业的服务水平和运营效率。
2、冷链物流成本高
冷链物流的成本相对较高，一般高于普通物流50%左右。近几年来，能源的价格不断升高，导致冷链物流的成本也不断上涨。冷链物流的设备水平不足，也使物流费用大幅增加。由于冷链物流的商品价格高，加上经销商对市场的不了解，很多物流行业人员被迫只能选择低标准的冷链物流或者选用普通物流，从而制约了冷链物流的发展。
、管理不当，供应链脱节
冷链物流的大的优势就是能够实现加工、储藏、运输和销售全程低温保存，但在实际当中，作业人员由于操作不规范，以及在管理上的不当，导致供应链脱节。，对全程低温的观念认识不足，比如对一些农产品没有进行田间预冷，即便在运输中使用冷藏车，也还是会影响产品的质量。外表看似没有问题，内部已经开始劣变，致使其货架期缩短。第二，存在一些企业为了节约冷链物流的成本，间断性的关闭制冷设备，造成冷链中断，可能对药品的成分造成了破坏，威肋、人类健康。第三，冷链配套设施不健全，在中转的过程中，未能实现全程冷链。
比如，冷藏车无法开到冷库中，在冷藏车停放地点到冷库这段距离，就造成了冷链中断。同样的问题还出现在生产地和冷藏运输车、销售点与冷藏运输车的对接上。第四，生产地缺少预冷设施导致全程冷链物流无法实现。很多冷冻的产品在卸货时，都是在常温状态下，再到经销商的冷藏设备中这段时间，冷链断链，对质量造成了影响，使保质期变短。以上这些情况，都是全程冷链遭到破坏，不仅影响了冷链物流的发展，也让人们逐渐对冷链物流的开展失去了信心，直接影响到我国食品药品的质量与安全。