保健食品申请食品备案的流程可以大致分为以下几个步骤：
备案人需要进入国家食品药品监督管理总局保健食品备案信息系统，并根据相关要求申请登录账号。在申请账号时，需要填写备案人的名称和住所、生产许可证号及有效期、营业执照信息、法人代表信息、联系人信息等。
备案人需要将营业执照、食品生产许可证明文件（载有保健食品类别）、商标证（如果有的话）、法人代表身份证或护照、授权委托书等清晰扫描成彩色电子版（PDF格式）上传至保健食品备案管理信息系统，并与填写的信息保持一致。授权委托书应当为法定代表人授权，包含备案人名称、联系人、联系电话，并加盖备案人公章。
备案人提交申请后，需要在接到食品药品监督管理局的电话通知后，及时携带上述资质文件的原件到现场进行审核。如果现场提供的材料与保健食品备案管理信息系统中的信息一致，备案人可以获得保健食品备案管理信息系统的登录账号。
在获得登录账号后，备案人需要提交保健食品备案申请表、备案人对提交材料真实性负责的法律责任承诺书、产品配方材料、产品生产工艺材料、安全性和保健功能评价材料等一系列文件。这些文件需要经过相关部门的审核和评估。
如果审核和评估通过，备案人需要按照要求提交产品样品进行检测。检测通过后，备案人将获得保健食品备案号和《国产保健食品备案凭证》。
保健食品的管控主要遵循以下几个方面的规定：
分类管理：保健食品、药品、普通食品必须执行分类管理制度。保健食品、药品、普通食品必须分类、分区存放、专人专柜专库管理。门店必须挂有醒目标志，注明区域（或柜台），引导群众正确消费。严禁混放、互替销售。
保健食品的定义与特性：保健食品是指具有特定保健功能的食品，不得对人体产生急性、亚急性或者慢性危害，其标签、说明书不得涉及疾病预防、治疗功能，内容必须真实，应当载明适宜人群、不适宜人群、功效成分或者标志性成分及其含量等；产品的功能和成分必须与标签、说明书相一致。保健食品包装上有特定的蓝帽子标示。
申请备案流程与材料：企业首先需要准备相关的产品申报资料，包括产品信息、配方、功效、生产工艺、检测报告等。然后向相关部门提交备案申请，包括填写申请表格、提交产品相关资料等。相关部门会对备案申请进行审核评估，包括对产品配方、功效、生产工艺等进行评估。如果审核评估通过，企业需要根据相关部门的要求提交产品样品进行检测。