上海二类医疗器械经营备案在上海市市场监督管理局办理，流程如下：
1. 准备相关材料，包括备案登记表、营业执照复印件、法定代表人身份证明等。
2. 登录上海市市场监督管理局网站，选择“网上办理”。
3. 填写备案登记表，包括企业基本信息、经营产品信息等。
4. 上传相关材料，包括营业执照复印件、法定代表人身份证明等原件电子档。
5. 提交申请，完成网上提交。之后，会收到系统自动发送的预受理号。
6. 按照预受理号提示，携带纸质材料到线下窗口递交资料，并当场递交相关材料原件。
7. 等待审核结果。如果申请成功，将收到系统通知。
需要注意的是，在准备相关材料时，上海二类医疗器械经营备案需要满足一定的条件，如经营场地必须为办公性质，不能为住宅等。具体条件和流程可能因地区而异，建议在准备前咨询相关部门。
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