上海新办二类医疗器械备案申请方法如下：
1.准备相关材料。包括《第二类医疗器械经营备案申请表》电子版、企业的法定代表人或者负责人身份证复印件、企业经营地址的房屋产权证明或租赁协议复印件、质量管理人员的相关学历证明或者职称证明复印件和质量管理制度目录等。
2. 将材料提交给所在地设区的市级负责备案的食品药品监督管理部门。可以通过窗口、邮寄等多种方式提交。
3. 等待审核结果，如果审批通过，将获得二类医疗器械经营备案凭证。
关于审批部门的具体要求，可能会根据实际情况有所不同，建议向相关部门咨询或参考以往案例。确保提交的材料真实、准确、完整。
以上内容仅供参考，如果还有疑问，建议咨询专业人士。
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