查验是海关监管的一个重要手段，报关只是一个程序而已，海关会根据自己的经验，当时的政策对一些敏感的品名进行随机抽查和布控查验，有时会在布控指令上面明确指出核查哪方面的信息。在查验的时候会打开箱子核对跟报关的资料是否一致，如品名，数量，重量，申报货值等等信息，确认是否有骗税，逃商检，HS编码归类不正确。
海关对进出口货物的布控查验分为计算机布控和人工布控两类：
（一）计算机布控
1、海关将进出口货物进行分类，设置风险参数。进出口货物风险参数越高，被计算机布控的几率就越高。
2、有些关区由于进出口货物多数风险参数较低，即对进出口货物按一定几率设置随机布控查验。
（二）人工布控
1、进出口货物在申报或查验放行环节，如果海关关员人工审单时认为报关单申报内容不清楚，或有疑问，即可由人工操作在海关电脑上下达布控指令，查验货物是否单货相符。
2、海关（包括缉私局）由于查获过某进出口货物出现违法违规现象，导致其他企业进出口的同样或相关货物风险参数提高，而被人工布控查验。
3、海关（包括缉私局）接到消息（就是举报）某进出口货物有问题，在该货物进出口时海关关员人工布控或缉私局向海关现场作业人员发出布控查验通知，查验该货物。
4、企业与海关关系不佳，进出口的货物被布控查验。
还有一种情况是企业有过违法违规记录，在海关的信用等级降低为C、D类，该企业进出口的货物基本上会被计算机或人工布控查验。这里有个很大的误会，海关查验费用是指海关查验而产生的费用，不是指海关收取的查验费用。在海关查验时，海关不会收一分钱的，但货主及代理必须把货物移到海关指定的查验场地，按海关要求拆分包装，在此过程中产生利用码头资源和人工所产生的费用要由客人自己承担。而这些因查验而产生的费用有众多的收费部门，而货代或报关行跟这些收费部门的结算方式又不相同，有些是当场付现钞，收费部门会开具注明该票货物的费用，有些是月结，没有单独的发票。所以货代或报关行也就无法向客人出示具体的收费部门开具的查验费用发票，只能列明各种费用的清单，如果客人不相信货代或报关行所说的费用，可以跟相关的具体收费部门去核实费率。
查验费用的构成：查验费、代办费，洋山送港费、杂费、短驳费、堆存费、封志费等等；海关拦船期查验会产生留箱费；货物多杂不易寻找的情况下会产生清箱费；以上费用按箱型计算。如遇查验扣货会产生划箱单、理货的费用；洋山事后处理、货物退关提货按去洋山次数收取代办费。自2011年开始上海港区要求每个查验的柜子需要到理货公司更改理货（更改查验后的封号），50/箱；外港查验是有查验通知单，洋山目前没有查验通知单，但是查验发票上有显示该票查验的提单号，船名航次，箱号等信息以做凭证。
