分公司的重要风险点在于是否独立核算的选择，一般独立经营某项业务或某个区域业务都应当独立核算，否则不需要独立核算，而这也成为分公司后续财税实务的重大分水岭。站在税务机关角度，独立核算与否非常关键。
非独立核算分公司意味着不独立从事经营活动，通常只是总部的一个部门业务的延伸，这样的话不需要独立核算，自然不存在单独财税实施的问题，增值税和所得税都回到总部统一缴纳即可；税务机关不喜欢非独立核算分公司的原因正在于此。
独立核算分公司是分公司运营的主流，至少占分公司数量八成以上。，自然应当会计上单独建账，单独核算自身收入、成本、费用，形成自身会计利润；但不需要核算实收资本项目，总公司给分公司的启动资金只需要同总公司形成往来即可。
独立核算分公司通常应该有独立账户，针对自身业务独立收款或独立对外支付款项，实务中如果总部统一收款或总部统一对外支付款项亦可，不违背三流合一原则，但需要在协议中注明资金支付的细节。
