公司股权转让股东变更的流程如下：
股东向其他股东或股东以外的人发出股权转让通知书。
签署变更登记申请表，包括公司法定代表人签署、公司盖章的《公司变更登记申请书》，原股东会决议，股权转让协议书，股权向公司股东以外转让的，还应提交新股东会（股权转让后的股东）决议，章程修正案或修改后的章程，新股东的主体资格证明或自然人的身份证明，原营业执照正副本。
提交其他相关材料：
《公司股东（发起人）出资情况表》（公司盖章）；
如组织机构有变动，视情况提交《公司董事、监事、经理情况表》、《公司法定代表人登记表》；
视出让方及受让方资格的不同应提交的其他材料。
工商部门审查申请材料后，符合法定条件的，应当给申请人发放《登记决定通知书》。
申请人凭借《登记决定通知书》到发证窗口换取《准予变更登记通知书》。
完成变更登记并备案。
股东转让股权涉及的税款包括个人所得税、印花税等。
个人所得税：如果转让人是自然人，需要根据转让的股权价值计算个人所得税。根据财产转让所得，应当缴纳个人所得税，税率为20%。如果转让的是法人股权，则需要缴纳企业所得税。
印花税：转让人和受让人需要按照产权转移书据税目，缴纳0.05%的印花税。