负责境外投资备案的主要包括国家发展和改革委员会（发改委）、商务部和国家外汇管理局。以下是这些部门的主要职责和流程：
国家发展和改革委员会（发改委）：
职责：负责对中央管理企业（包括中央管理的金融企业、国务院或国务院所属机构直接管理的企业）以及地方企业的投资项目进行备案，尤其是当中方投资额达到3亿美元及以上时。发改委还负责监督企业海外投资行业的流动，并向符合条件的企业发出《海外投资项目备案通知书》。
流程：企业首先需要向发改委提交项目信息，包括投资计划、公司章程、董事会决议等。发改委在收到材料后进行审核，符合条件的将予以核准或备案，并出具《境外投资项目备案通知书》。
商务部：
职责：负责对企业的海外投资事项进行全面审批，确保投资活动符合国家的相关政策和法规。商务部还负责对企业的投资计划、公司章程、董事会决议等进行审核，以确保其合规性。
流程：企业需向商务部提交完整的申请材料，包括公司基本信息、投资计划、公司章程、董事会决议、财务报表等。商务部在收到材料后进行审批，审核通过后向企业颁发《企业境外投资证书》。企业应在收到证书后2年内完成境外投资。
国家外汇管理局：
职责：负责外汇登记和资金汇出的监管，确保资金的合法流动。对于投资金额超过一定标准的投资项目，外汇管理局还需要审核投资资金来源的合法性和充足性。
流程：根据投资金额的不同，企业可能需要向外汇管理局申报并办理境外直接投资外汇登记手续。对于投资金额在500万美元以上的项目，企业需要向外汇管理局提交相关材料，包括投资合同、资金来源证明等。外汇管理局在审核通过后向企业发放《境外直接投资外汇登记证》。
在完成以上三个部门的备案和审批流程后，企业就可以进行境外投资了。整个备案流程旨在确保企业境外投资活动的合规性、合法性和安全性，防范和化解对外投资风险，同时也便于对境外投资活动进行统计监测和服务指导。
