在上海新办二类医疗器械经营备案并领取证书的流程如下：
1.准备相关材料。所需材料通常包括公司营业执照复印件、法人代表身份证复印件、生产场地证明材料（如房产证、租赁合同等）复印件，以及填写完整的《第二类医疗器械经营备案表》和《工商营业执照》复印件。
2. 将准备好的材料提交给所在地设区的市级负责医疗器械监管的部门。
3. 按照部门的要求进行现场核查。在现场核查通过后，他们会发放《第二类医疗器械经营备案凭证》。
完成上述步骤后，新办流程基本结束，您可以根据实际情况选择线上或者线下方式领取证书。
请注意，具体流程可能会因地区不同而有所变化，具体情况请咨询当地相关部门。
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