冷链物流在提高人民生活水平，促进生鲜农产品流通，杜绝生鲜品运输浪费方面发挥着重要作用，然而，冷链物流却是物流中的短板
冷链的短板，不是才有，早已存在。和国外相比，发达国家冷链流通率基本达到85%以上，而我国只有19%；我国预冷果蔬占比一般为10%，而发达国家高达95%至。受制于较低的冷链运输水平，我国每年仅果蔬一项的损失就达上千亿元，触目惊心数据，凸显中国冷链的实际问题。
中国冷链物流，大致存在以下几方面问题：
一是基础设施资源分布不均。沿海区域以及一线北上广城市冷链基础设施设备数量较多，西部中部地区资源较少，拿冷库来说，大量冷库集中分布在东部沿海及中部发达地区，而国内还有大量特色农产品分布在西北、西南等地区，这些产地的冷库资源严重匮乏，一些优质农产品短期内很难面向全国市场销售。
二是发展结构不合理。当前都受制于较低的冷链运输水平，冷链行业首尾市场发展不均衡，冷链物流企业多数关注终端配送服务，忽略了产品产出时的运输、储存。从冷库功能上看，目前存储型冷库多、流通型冷库少，冷冻库多、冷藏库少，销地冷库多、产地冷库少，比如，现在比较火的是用于储存冻品海鲜的那种冰鲜冷库，然而更多的生鲜农产品、短保预制食品，需要的是低温仓库周转，而这类仓库相比冰鲜类冷库数量太少。
三是冷链企业小、散，乱。我国冷链物流企业尽管发展迅速，但整体上仍呈现散乱小的状态。据中物联冷链委统计，冷链企业合计大约只占市场份额的不足5%。开展冷链物流业务的市场主体虽然众多，但冷链物流行业整体处于碎片化、分散化的状态，仓配分离、区域分割等问题突出。尤其是农产品冷链物流起步晚、基础薄弱、市场规模不大、行业集中度不高、化水平不高。
由于冷链物流比较分散，市场集中度较低，往往竞争无序、价格混乱，在冷链运输中监控不到位、标准不落地等问题时有发生。
四是冷链物流体系不健全，从某种意义上来说，缺的不是冷链资源，而是能够为其提供全程冷链服务的服务商，缺的是能提供符合商家需求的全程冷链服务方案。