在灵活用工新业态中，服务平台（如外卖平台）与服务提供个人（如外卖骑手等）之间，并无直接劳务雇佣关系，充当其间“桥梁”的，就是灵活用工企业。灵活用工企业与灵活用工个人构成劳动关系或民事关系，服务平台则从灵活用工企业购买服务或要求其代理结算。
实践中，根据灵活用工企业与服务平台签订的合同内容来看，存在两种常见的经营模式，即参与经营型和中间服务型。
参与经营型
参与经营型，指灵活用工企业作为服务提供方，与服务平台签订合同，向服务购买方直接提供服务。灵活用工企业与服务提供个人建立合法合规的用工关系，并为其依法代扣代缴个人所得税；服务平台直接向灵活用工企业支付服务费，灵活用工企业以服务费全额向服务平台开具增值税发票。
在参与经营型模式下，灵活用工企业的增值税应税收入主要来自服务平台，但因目前监管机制有待完善，一些灵活用工企业通过虚增业务量，甚至虚构交易方式对外开具增值税发票，以获得非法利益。同时，一些灵活用工企业利用网络交易可被删除、被伪造的漏洞，在个人所得税扣缴申报时，隐瞒真实劳动关系，按照核定征收率更低的“个人承包经营所得”扣缴个税，很容易产生税务风险。
中间服务型
中间服务型，由灵活用工企业充当中介角色，向服务平台提供“互联网+人力资源”服务。灵活用工企业根据服务平台的要求，筛选灵活用工个人，并为服务平台提供信息查询、交易撮合、合同签订、税费代缴、费用结算等服务。在这种模式下，灵活用工企业向服务平台收取分包劳务费及项目服务费，根据项目服务费向服务平台开具增值税发票，并在代扣代缴个人所得税后，将分包劳务费支付给灵活用工个人。这样，灵活用工企业收到的款项包括两部分，一部分是“互联网+”服务费，计入灵活用工企业收入；一部分是灵活用工个人的报酬，灵活用工企业完成结算后，支付给灵活用工个人。实务中，一些灵活用工企业将收到的服务费以及劳务费合并开具增值税发票，其中不乏虚开发票风险。
中间服务型模式下，灵活用工企业与灵活用工个人一般不存在劳动雇佣关系，但需按照委托代征协议，代扣代缴个人所得税。按照《国家税务总局对十三届全国人大三次会议第8765号建议的答复》，灵活用工人员从平台获取的收入可能包括劳务报酬所得和经营所得两大类。灵活用工人员取得的收入是否作为经营所得计税，要根据纳税人在平台提供劳务或从事经营的经济实质进行判定。然而在实务中，灵活用工交易记录数量巨大，交易服务类型多，一些灵活用工企业在代扣代缴个人所得税时，通常不区分具体服务类型，全部按个人承包经营中较低核定征收率的所得代扣代缴个人所得税。
