医疗器械经营许可证三类和二类的主要区别在于经营对象的风险等级不同。
二类医疗器械经营许可证主要针对的是风险程度较低的医疗器械，如医用棉签、医用口罩、电子胃镜等。而三类医疗器械经营许可证则涵盖了较高风险等级的医疗器械，如人工关节、心脏起搏器、伽玛刀等。
在经营场所和库房要求方面，二类医疗器械经营场所的面积要求一般不小于30平方米，库房面积不小于20平方米。而三类医疗器械经营企业则需设立独立的储存仓库，以确保产品质量和安全。三类医疗器械经营企业还需设立更为严格的质量管理体系，确保产品质量安全可靠。
在人员资质要求方面，二类医疗器械经营企业应具备至少一名持有医疗器械注册证书或者医疗器械备案凭证的人员，负责质量管理工作。而三类医疗器械经营企业则要求具备至少两名持有医疗器械注册证书或者医疗器械备案凭证的人员，其中一名负责质量管理工作。
申请三类医疗器械经营许可证需要具备以下条件：
企业需具备与经营范围相匹配的经营场所和仓库，并对其具体面积有具体要求。
企业需具备国家认可的、与经营产品相关专业的在岗人员。
企业需具备与经营产品相关的中专以上学历的技术人员。
企业需拥有与经营的医疗器械相适应的质量管理制度和质量管理机构或者人员。
企业需具备与经营的医疗器械相适应的技术培训和售后服务的能力，或者约定由相关机构提供技术支持。
申请三类医疗器械经营许可证的企业需满足相关法规规定的其他条件。
需要注意的是，具体要求可能会因地区和产品的不同而有所差异。在申请三类医疗器械经营许可证前，建议仔细阅读相关法律法规和政策文件，了解具体的申请条件和流程，以确保顺利获得许可证。