上海经营二类医疗器械备案需要按照以下步骤进行：
1. 准备相关材料：包括《医疗器械经营许可证申请表》等，加盖企业公章。
2.将材料提交给所在地食品药品监督管理局。所需材料一般包括：企业的工商营业执照复印件、法人代表身份证复印件、企业组织机构代码证复印件以及税务登记证复印件。
3. 准备初审意见书并填写，此为纸质版初审意见书，签字盖章，这里需要企业填写并加盖公章。
4.食品药品监督管理部门会依据企业提交的相关材料，对申请资料进行审查，并实地查验其经营场所、设施设备情况、以及产品存储条件等。如果符合标准，将发放《医疗器械经营许可证》。
具体流程可能随时间有所变化，建议到当地食品药品监督管理局咨询详细信息。
在经营医疗器械时，需要注意相关规定和标准，确保安全使用。
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