上海市二类医疗器械备案指南如下：
1. 确定办理主体：上海市市场监督管理局。
2. 准备相关材料：基本情况（拟办企业名称、地址、负责人姓名等）、拟办企业资产状况证明、拟办企业组织机构、申请表格。
3. 公告：办理二类医疗器械备案，需要登录上海市市场监督管理局网站进行网上公告。
4. 递交申请材料：向上海市市场监督管理局递交申请材料，包括委托经办人办理备案手续的委托书。
5. 审核备案：上海市市场监督管理局审核相关材料，符合条件的予以备案。
审批部门办事流程如下：
1. 受理申请：对申请材料进行审查，材料齐全且符合法定形式，应当受理并出具书面凭证。
2. 审核审批：对申请资料的真实性、完整性、合法性、合规性及齐套性等材料进行审核审批。
3. 出具结果：备案编号后，出具《医疗器械经营企业许可证》，告知企业在国家药品监督管理局网站进行查询。
具体操作流程和所需材料可能因实际情况而异，建议提前核对官方信息。
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