从地域分布来看，我国冷链设施和企业存在分布不均的问题。我国的冷链基础设施主要集中在沿海地带和一线发达城市；冷库类型和功能发展方面，我国大型冷库建设项目比较多，中小型冷库建设少，可以满足大规模冷藏需求，但无法满足小规模冷藏需求；肉类建设冷库较多，果蔬类冷库建设较少。
2019年，我国华东地区的冷库容量大，占比全国冷库总量的41%；其次是华北地区，占比达15%；西北和东北地区作为农产品的主产地其冷库容量总和仅占全国的13%。2019年我国冷库企业数量约为1832家，华东地区的企业数量多，达到686家，占比达37%；其次是华南地区，企业数量达296家，占比16%。
由于国内冷链物流行业起步晚，标准技术体系仍有诸多空白和不完善，在实践应用方面，企业多采用和国家、行业标准互为补充。国内已有的标准存在交叉重叠，标准研制的系统性、战略性和统筹性仍需增强。诸多国际通行的标准和规范在我国仍属小范围应用，导致大多冷链物流相关企业的管理仍游离于之外。
尽管规范冷链物流发展已引起有关部门的高度重视，但部门之间缺乏顶层设计，未能形成“全链条”监管体系。以活水产品的冷链运输为例，多个部门出了管理标准，包括《活水产品运输技术规范》《活鱼运输技术规范》等5项，导致相关企业在操作中需参考多项标准来应付不同部门的执法检查活动，常感疲于应付，顾此失彼。