当前灵活用工平台的税务问题日益突出。根据上述模式涉税处理的分析，用工企业采取灵活用工形式都容易面临以下四个税务问题：
1、虚开发票涉嫌违法
在无真实业务外包或劳务派遣业务的情形下，一些灵活用工平台通过虚增业务量、虚构交易方式或以委托代征为名，行倒卖票为实对外虚开增值税专票，以获取非法利益；一些灵活用工平台为赚取服务费，与用工企业恶意串通虚开专票。一些灵活用工平台发布虚假用工消息和利用地方税收优惠虚开专票。这些行为均易面临虚开的刑事责任风险。
部分用工企业会将部分业务外包给灵活用工平台，再由自己公司的员工以自由职业者的身份通过平台提供这部分服务，从而可以通过平台企业以服务费或劳务费的形式向员工发放部分工资，员工少缴个税，用工企业降低用工成本并获得可税前扣除的发票，灵活用工平台亦赚取了服务费，表面上实现多方共赢。在这种模式下，用工企业和灵活用工平台之间的业务易被认为不存在商业实质关系，涉嫌虚开增值税专票，也存在偷逃税的刑事责任风险和较大的税务合规风险。
2、用不合规“替票”涉嫌违法
灵活用工企业为进行税前列支的扣除取得不合规的发票，进而少交个税或企业所得税，容易引发税务风险。部分灵活用工企业要求自由职业者以“替票”的形式把服务费或劳务费“报销”出来，从而无需缴纳个人所得税。此种情形下灵活用工企业将会面临较高的税务风险，容易造成平台企业期间费用异常，且涉及到虚开发票行为。
实践中，还可能存在灵活用工平台向用工企业开具增值税专票的品种科目与实际交易内容不符或用工企业接受平台企业数量、金额不实的增值税专用发票的行为。这两种方式均会导致双方面临虚开行为的刑事责任风险。
3、公对私转账涉嫌违法
用工企业通过对公账户将资金支付给灵活用工平台后，灵活用工平台扣除“服务费”将剩余款项通过个人账户转至用工企业个人账户，用工企业将费用支付给自由职业者，易被认定为形式上的“资金回流”，将可能被税务机关认定为无真实的业务，灵活用工平台将可能涉嫌逃税虚开的刑事责任风险。
4、不合规代扣代缴个税涉嫌违法
平台企业不实行代缴代扣个税义务的行为将面临严重的税务行政处罚。如果灵活用工平台应扣未扣个税的，须补缴税款，并处以罚款；如果灵活用工平台已扣而未缴个税的，须补缴税款，并处以罚款和滞纳金。
灵活用工模式下，如果存在真实的业务外包或劳务派遣服务的情形下，企业因为合理的商业目的采取灵活用工形式来取得增值税专用发票，属于合理的方式。但仍需注意的是对用工企业所外包业务的真实性及合法性进行核实检查，否则可能涉及面临实际用工企业利用灵活用工平台虚开增值税发票或拆分人员工资以偷逃税款的行政责任和刑事责任的风险。
